Trung tâm Khảo thí và Đảm bảo chất lượng được thành lập theo Quyết định số 377/QĐ-NN1 ngày 12 tháng 02 năm 2007 của Hiệu trưởng Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội với chức năng tham mưu cho Hiệu trưởng và chịu trách nhiệm tổ chức triển khai và quản lý công tác khảo thí và đảm bảo chất lượng đại học, sau đại học, dịch vụ liên quan đến công tác khảo thí và đảm bảo chất lượng.

Theo Quyết định số 1424/QĐ-NNH ngày 06 tháng 10 năm 2009 Trung tâm được đổi tên thành phòng Khảo thí và Đảm bảo chất lượng chịu sự quản lý hành chính 2 cấp: Trường – Phòng ban.

Ngày 14 tháng 02 năm 2012 Hiệu trưởng ban hành Quyết định số 248/QĐ-NNH thành lập Phòng Thanh tra, Khảo thí và Đảm bảo chất lượng trên cơ sở sáp nhập Ban Thanh tra giáo dục và Phòng Khảo thí & Đảm bảo chất lượng.

Đứng trước yêu cầu ngày càng cao của công cuộc hội nhập giáo dục và yêu cầu chất lượng nguồn nhân lực trình độ cao của đất nước, đòi hỏi phải tiếp tục đẩy mạnh, phát huy hơn nữa các thành tựu chất lượng đào tạo mà Nhà trường đã kiên trì theo đuổi gần 60 năm qua. Việc thành lập một đơn vị chuyên trách để tham mưu và tổ chức triển khai thực hiện các công việc của công tác đảm bảo chất lượng là rất quan trọng và cần thiết. Do đó, ngày 20 tháng 11 năm 2013 Hiệu trưởng Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội đã ban hành Quyết định số 2449/QĐ-NNH thành lập Trung tâm Đảm bảo chất lượng.